1638, Portugal: Die Jesuiten-Priester Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) und Francisco Garupe (Adam Driver) bekommen einen heiklen Auftrag. Ihr ehemaliger Mentor Cristóvão Ferreira (Liam Neeson) ist als Missionar nach Japan ausgewandert und soll Gerüchten nach vom Glauben abgefallen sein. Die jungen Priester reisen ihm nach, ohne die geringste Ahnung von seinem Aufenthaltsort im fremden Land zu haben. Zu allem...