Der Trip nach Madagaskar ist vorbei und so brechen Löwe Alex und seine Freunde wieder zurück nach New York auf. Doch mitten über dem Herzen Afrikas legen sie eine Bruchlandung hin. Bald schon stellen alle fest, dass sie mitten im Paradies gelandet zu sein scheinen. Alex findet seine Eltern wieder, Marty eine Zebraherde, Giraffe Melman kann Medizinmann werden und Nilpferd Gloria wird von einem gewichtigen Hippo umschwärmt...